在那个阳光明媚的夏天，小梅和姐姐小月随着爸爸一起搬到了乡下。在入住乡下屋子的第一天，小梅就发现了灰尘精灵。她惊奇地告诉了爸爸和姐姐，还有隔壁的老奶奶，但大人们尽管嘴上说着相信她，心里却只当成是孩子的玩笑话。姐姐每天都要上学，爸爸要工作，而妈妈生着病，谁都没空陪小梅，孤单的她只有自己玩儿。直到有一天，她遇见了龙猫。

开始她只看见了一小只，后来她跟踪那只小龙猫，在山上的大树洞里，发现了一只巨型龙猫，这也意味着，她孤单的日子结束了。她告诉爸爸和姐姐，她遇到了龙猫，可是当几人一起去寻找的时候，却发现怎么也找不到。于是爸爸说，可能只有孩子才能看见吧。果真之后的某一天，当两姐妹在雨天等待爸爸下班的时候，姐姐小月也看到了龙猫。

在那个雨天，两姐妹在公交站台一起等到了深夜，可是爸爸怎么都没回来。小梅累得睡在了姐姐背上，姐姐看见四下无人，雨势又大，心里泛起了一丝恐惧。这个时候，龙猫出现了。起初它只是觉得雨落在伞上的声音好听，后来小月将伞送给了它，他们就成为了朋友。龙猫一直陪着姐妹二人，直到爸爸归来。

其实纵观整部漫画，所要表达的主题除了童年，还有一个隐藏的主题，就是陪伴。无论是龙猫陪孤单的小梅玩耍，陪姐妹二人一起等下班的爸爸，甚至是后来帮助小月寻找到失踪的小梅，还是爸爸对生病的妈妈不离不弃，姐妹二人之间的深厚情谊，都与“陪伴”一词相关。世间情万种，陪伴很难得。