终极三国第三季讲述的是关羽为了不让刘备在爱情与友情中矛盾挣扎，于是投诚于孙权，条件是希望孙家与曹家军停战，刘备得知关羽心意后深深感动，打算前去许都，与曹操会谈，希望避免战争发生，谁知刘备这一去，却是负伤而回，张飞见刘备与阿香愁眉不展，想出‘玫瑰花床’ part 2行动，不料却再次绑错人，美丽的意外，让五虎将再度重聚…这一次的重逢，赵云终于理清了小乔在他心中的定位。

刘备脩决定要弹奏安魂曲并希望大家能为他戒备，但是因为弹奏安魂曲引来了董卓、吕布和众多的魔，经过多番的战斗大家都已经败下阵来，看到大家生命垂危关羽决定放弃治疗；第二天起来大家发现关羽突然变老了，刘备脩去找夏流阿公帮忙，阿公告诉他如果可以在80000点功力下弹奏安魂曲可能会有效，刘备脩决定要联合大家的功力一起再弹奏一次安魂曲，但是却又引来了董卓等人的攻击，大家又再一次的受伤了

王允校长开心的回到东汉书院，董卓当然超不甘心，虽然他已经被纳入内阁当少府，但还是不放过这些曾经与他不断作对的人，他在校长室的椅子上装上了炸弹。为了度过难关，刘备修用了伏瑞斯将炸弹定住了，最后大家逃过一劫，董卓仍然不放弃，他将吕布和一个透明水箱绑在一起，水箱里头正是水母炸弹，解开鍊条的钥匙就在水中，关羽不愿放弃吕布，执意相救，众人也受关羽的义气感召，合力出手解救吕布。

刘备和孙尚香都对对方会呜拉巴哈困惑不已，正当俩人打算向对方问个清楚时，董卓从背后偷袭，将二人打晕。危急之时，董卓在铁时空的分身赶到，救下刘备和孙尚香。

袁绍暗中命令，东汉书院放假一天，却只让孙尚香一人上课， 并再次对孙尚香表示好感。袁绍为了带孙尚香回去，同张飞打斗，打斗过程中，袁绍为了保住尚香送给他的不倒翁，挨了张飞一掌，受伤吐血，孙尚香十分担心。

刘备，曹操，孙权三人赌牌，曹操连输，不得不舔自己的腋下。孙尚香最终决定跟随孙权回江东，大乔也一同回去。袁绍决定发兵攻打皇宫，诛杀宦官。董卓也调兵遣将，蠢蠢欲动。十常侍之一的赵公公突然到访东汉书院，宣布削减东汉书院经费，众人与赵公公据理力争，赵公公突然发现张飞就是当年鞭挞自己的弟弟督邮的人，令人将张飞拿下，正在危急之时，吕布赶到，将赵公公杀死。